上世紀末，在日本琉球列島附近發現的一座海底遺跡，很有可能會徹底顛覆人類文明的認知。
2007年，日本琉球大學地質學家木村政昭在一次學術會議上，認為在日本與那國島附近海底發現的石頭城遺跡，是一座如傳說中沉入大西洋的亞特蘭蒂斯島上一樣的古人類遺址。他可能是在2000年前一次大地震中沉入海底。這處遺跡的稜角分明，其中一個如金字塔形狀結構矗立水中，另外還有一些碎石貌雕刻而成動物或者人像，許多日本科學家稱其為日本的「亞特蘭蒂斯」
木村政昭認為，這處海底遺跡就是一座「亞特蘭蒂斯」，後來，琉球大學成立了「海底考古調查隊」，以該校海洋學教授木村政昭為核心，開始了對此地貌長達八年的調查。當初他的第一反應是自然形成的，但一次次潛入海底親自勘查的的結果讓他改變了這一想法。他說「很難解釋他們的起源為純自然形成的，因為有大量證據表明這些建築有人類活動留下來的印記。」比如建築的「階梯」起始於它的正面，分別通往兩片區域：向東通向「祭祀區」，向西通向「台階區」。（暫時的推測）
整個建築規模東西長約200米，南北寬約140米，最高處達約26米。從外形上看，令人聯想到古文明的祭壇和神殿的遺跡。
2007年6月，木村政昭公布了他關於這座神秘遺跡起源的最新理論。他認為這是一個古文明廢墟，其中最大一處建築看似一個從水下25米處高聳而出的巨大的階梯式金字塔。由長方形巨石構成，考古學家則認為，這可能是一個尚不為人知的石器時代文明的初步證據。如果這個斷言成真，那麼這個金字塔將比埃及最古老的金字塔——位於薩喀拉的階梯式金字塔的建成時間早5000年。
從更多的圖片中我們可以看出，與那國島海底遺跡的主體建築是一座台地結構。木村政昭說，「這個建築可能是一座遠古宗教的神殿，用來讚美某個遠古的神。」圍繞著它的是一條寬度在6米到50米的環形路，它以一道矮牆為界，只能通過牆上的一座拱形大門打開。在這條環行路之外，也就是在金字塔主體結構的周圍，還存在著其他五座體積相對較小的建築物。
此外在與那國島東南海岸著名的「立神岩」下方海底，還發現高達數公尺的人頭雕像，其五官及臉孔清晰可辨。這個到底是如何建造的呢？由於記載在10000多年前，人類尚無可能造出這樣的紀念碑，所以這極有可能是一個不為人知的人類文明。
如果木村教授的結論是正確的話，這個海域所在的陸地露出海面的時間，至少是八千到一萬年前，也即是最後一次冰河期的事情。這也就意味著，這個發達的文明至少存在於8000到10000年之前。
木村政昭還用實驗證明：這些人頭雕像是一處來自亞洲大陸文化遺址。
除了與那國島南部之外，在與那國島最西端的西崎海域也有重大的發現。1990年潛水人員在西崎海域海底22.5米處，發現了一個以岩石堆砌的金字塔。這個金字塔型結構寬183米，高27.43米，由長方形的巨石構成，總共有五層。而大金字塔附近還發現幾座小的石墩，是由石板拼成階梯狀的袖珍金字塔，寬約10米、高2米。
一些專家則認為，這些建築極有可能是傳說中的太平洋「MU」文明留下的。這個稱謂是由美國學者詹姆斯·柴吉伍德提出的「消失的MU大陸」。根據詹姆斯的說法，史前的太平洋全部區域，包括日本主島、沖繩及台灣等，都還是正片連接的大陸，在一塊比南美大陸還大的大陸上存在高度發達的「MU文明」。這個文明最後是由於地震而沉入海底的。
但是木村政昭的團隊目前還是沒有發現與人類活動有關的更為直接的證據。
日本最早文明始於約公元前9000年的新石器時代。那時的人們以打獵和採集食物為生。沒有考古學記錄顯示曾經存在過先進的人類足以建造這麼大規模的建築。如果能夠證實這個遺址確為人類所造且有10000年之久，那將極大改變我們以前對東南亞歷史的看法。
不過，令人感到奇怪的是，日本政府對此重大發現卻一直不感冒，也一直沒有公開宣布，他們將遺跡命名為「海底地形」，甚至一度禁止外國科研人員前往遺跡調查。
為什麼日本政府對這樣重大的發現想要低調處理呢？
與那國島嶼隸屬琉球群島，大家都知道這個群島自古以來屬於中國的領土，直到1894年才被日本完全侵吞。而且這個島嶼近年來一直是日本的敏感問題，日本政府不想節外生枝吧！
其實就算這個文明被證實，也跟日本大和文明毫無干係，而且日本人可能還會反倒認為這個會影響大和文明的崇高性和純潔性！阿依努人長期不被日本政府所承認就是一個很好的例子。
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